1958年，中共河南省委决定在原河南省中医进修学校基础上成立河南中医学院（2017年更名为大学），只设立一个中医专业，由教务处主管。从58级到61级学制为六年，63级学制改为五年，64级和65级学制又改为四年。

1966年，省委通知停课，开展“文化大革命”运动，中医专业停止招生。

1969年，学校全体师生员工迁至禹县。

1971年，中医专业随学校迁回郑州。

1972年，中医专业招收“工农兵”三年制学员。

1973年，中医专业改为中医系，仍由教务处主管。

1977年，在原中医教学力量的基础上成立中医系，中医系的前身之教务处、医教部。教师已有148人，中西教研室已发展到18个，各种实验设备已能满足课程需要，成为学校的一个大系。恢复中医本科五年制招生。

1979年，中医基础理论学科与兄弟院校联合培养硕士研究生，1982年被国务院批准为硕士学位授予点

1984年，针灸教研室转为独立的针灸系（现针灸推拿学院），药理教研室转入中药系（现药学院）。

1994年，中医骨伤专业分出成立骨伤系（现骨伤学院）、五官本科专业分出成立五官系（现已停办）。

1993年，外语教研室分出成立外语教学部（现外语学院）。

1996年，方剂学学科获批硕士学位授权点。

2000年，中医临床基础学科、中医诊断学学科分获批硕士学位授权点 。

2001年，中西医结合基础学科获批硕士学位授权点。

2001年，撤销中医系，成立基础部。

2002年，基础部更名为基础医学院。

2003年，开设预防医学(营养与食品卫生方向)本科专业，2004年招生。

2003年，中医医史文献学学科、病理与病理生理学学科分获硕士学位授权点。

2006年，通过本科教学水平评估。

2009年，开设中医学（仲景学术传承班）。

2011年，病原免疫细胞生物学学科获批硕士学位授权点。

2012年，人体解剖及组织胚胎学学科获批硕士学位授权点。

2013年，中医基础理论、方剂学、中医临床基础、中医诊断学、中医医史文献学等五学科获批博士学位授权点。

2014年，中医学博士后流动站获批。

2017年，基础医学院更名为基础医学院（仲景学院）。

2018年，开设临床医学本科专业，中医学（5+3一体化）、中医学（5+3一体化，儿科学）等两个长学制专业。

2019年，开设食品卫生与营养学本科专业。

2021年3月，基础医学院（仲景学院）编制取消，分别成立医学院、中医学院。

2023年，开设医学实验技术本科专业。